Le dernier variant d’Omicron majoritaire en France mais peu virulent

Du côté du Covid-19, les nouvelles sont plutôt bonnes ! Le virus continue de circuler mais « les indicateurs restent stables en ville et à l’hôpital », selon la note de Santé publique France (SPF) publiée le 21 août. « La part des hospitalisations après passage aux urgences restait modérée. »
Dernier variant en date, KP.3.1.1 ne cesse d’augmenter au niveau mondial. C’est un sous-lignage du variant JN.1 qui lui-même appartient à la famille Omicron. Aujourd’hui, en France, KP.3.1.1 reste majoritaire et représente désormais environ 48 % des séquences au 22 juillet, selon des données de SPF. « KP.3.1.1 a commencé à circuler en France mi-juin et a l’air d’avoir un avantage sur les autres variants actuels, sans que l’on puisse dire à ce stade s’il va remplacer les autres variants et générer une vague ou non », souligne Justine Schaeffer, épidémiologiste à SPF. Rappelons que le génome du SARS-CoV-2 est une molécule d’ARN. Il a été classé variant sous surveillance (VUM), mais, « à ce jour, aucun signal préoccupant en termes de santé publique ne lui a été associé », indique la note de SPF.
La particularité de KP.3.1.1 est de posséder trois mutations dans la protéine spike, qui permet au virus de s’accrocher aux cellules pour les infecter : F456L, Q493E et V110. Ces « immatriculations » correspondent à la position des acides aminés, ces molécules qui constituent les protéines, au niveau de la porte d’entrée du virus chez l’hôte. « KP.3.1.1 présente une délétion de la sérine en position 31 qui pourrait impacter ses caractéristiques virologiques in vitro : une infectiosité accrue et une capacité renforcée à échapper à la neutralisation par les anticorps », précise la note de SPF.
« KP.3.1.1 se transmet un peu mieux que les autres, échappe probablement un peu mieux à la réponse immunitaire préexistante, mais n’est pas plus virulent », rassure Bruno Lina, directeur du CNR et membre du Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires (Covars).
Retour en arrière. Appelé « Wuhan », le virus originel du SARS-CoV-2 a émergé en Chine fin 2019 et s’est ensuite diffusé dans le monde entier, en mutant régulièrement. Le premier variant préoccupant, appelé « Alpha », est apparu fin 2020 au Royaume-Uni, Bêta est arrivé, peu après, en Afrique du Sud, puis Gamma, début 2021, en Amérique du Sud, et Delta, en Inde, au printemps de la même année. « Tous étaient des variants de la souche Wuhan, avec la même racine génétique », précise Bruno Lina.
Infographie Le Monde, Victoria Denys, Pascale Santi
Sources : Santé publique France
Le variant Omicron a été détecté pour la première fois en novembre 2021 en Afrique du Sud. « Outre le nombre de mutations d’Omicron, ce nouveau variant a entraîné un changement de comportement du virus. On est passé d’un virus qui générait essentiellement des infections pulmonaires basses à un virus provoquant des infections respiratoires hautes (dans la sphère ORL), favorisant la transmission du virus », poursuit Bruno Lina. A l’instar de ses prédécesseurs, ce nouveau variant possède des mutations avantageuses telles qu’un échappement immunitaire et donc une transmissibilité accrue, le virus réinfectant plus facilement des gens qui avaient déjà été infectés et potentiellement immunisés par des virus anciens.
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